Юрий Васильевич Дойников родился 21 февраля 1960 года в Херсоне. Образование высшее, в 1982-м с отличием закончил Севастопольский приборостроительный институт по специальности «Автоматизация и механизация процессов обработки и выдачи информации», получил квалификацию инженер-электрик. В настоящее время обучается в Национальной академии государственного управления при Президенте Украины.

С октября 1982 года — инженер Севастопольского приборостроительного завода им. Ленина. С октября 1986 года — секретарь комитета комсомола завода. С декабря 1987-го по июнь 1992 года — заместитель начальника производственно-диспетчерского отдела Севастопольского приборостроительного завода им. Ленина, начальник производственно-диспетчерского отдела Севастопольского государственного приборостроительного завода «Парус».

С июня 1992 г. по июль 1993 г. — начальник отдела приватизации коммунальной собственности Комитета экономики СГГА. С июля 1993 г. по март 2008 г. работал на должностях директора, генерального директора промышленных предприятий Севастополя. С апреля 2008 г. — советник председателя горсовета по вопросам социально-экономического развития и внешних отношений, управляющий делами исполнительного аппарата. С сентября 2008 г. — заместитель председателя горсовета. С апреля 2010 года — председатель Севастопольского городского Совета.

Член Партии регионов. Женат. Имеет сына и дочь.