Реконструкция проводится по инициативе министра обороны России генерала Сергея Шойгу. Заказчиком выступает министерство, а исполнителем ОАО «Славянка». Работы планируется завершить к 20 декабря 2013 года.
В настоящий момент идет отделка внутренних помещений, ремонт крыши и косметический ремонт фасада, на котором в 1904 году были установлены 24 мраморные мемориальные доски с наименованиями частей войск Севастопольского гарнизона, принимавших участие в обороне города в период Крымской войны 1853-1856 гг.
Переговоры о возрождении храма велись давно. Уже около пяти лет в восьмом зале музея по согласованию с командованием ЧФ РФ проводились богослужения. Служил помощник командующего по работе с верующими военнослужащими протоиерей Александр Бондаренко.
— В перспективе планируется восстановить иконостас, а также внутреннюю роспись храма при участии специалистов Студии военных художников имени Грекова, — говорит протоиерей А.Бондаренко.
Храм святого Архистратига Михаила сооружен в 1849 году по инициативе Главного командира Черноморского флота Михаила Лазарева. Во время первой обороны Севастополя храм являлся главной гарнизонной церковью города. Значимость и ценность храма еще и в том, что именно здесь отпевали адмиралов Корнилова, Нахимова и Истомина, погибших во время первой обороны Севастополя и погребенных во Владимирском соборе-усыпальнице адмиралов, который также восстанавливается по инициативе министра обороны РФ. В 20-е годы XX века богослужение в церкви было прекращено, в здании находилась читальня, Дом санитарного просвещения, с 1968 года — зал Музея КЧФ.